ऑर्डर 66 से बहुत पहले केवल एक जेडी को क्लोन ट्रूपर्स से नफरत थी
हालांकि जेडी और क्लोन ट्रूपर्स दोनों में एक दूसरे के साथ बहादुरी से लड़े स्टार वार्स निरंतरता, एक लीजेंड-युग जेडी ने क्लोन के लिए अपनी अवमानना को छिपाने का कोई प्रयास नहीं किया। जेडी और क्लोन के नायक थे गेलेक्टिक गणराज्य प्रदान करने वाले क्लोन युद्ध अपने न्यायिक बलों और स्थानीय ग्रह मिलिशिया के पूरक के लिए एक कुलीन लड़ाई बल के साथ, लेकिन क्लोन जेडी का सफाया करने और उसके फासीवादी तख्तापलट को सुविधाजनक बनाने में पालपेटीन का गुप्त हथियार था। क्लोन ट्रूपर्स में 66 सक्रिय निष्क्रिय ब्रेनवॉशिंग, उन्हें अपने जेडी सहयोगियों की हत्या करने और गणतंत्र के स्थान पर एक डायस्टोपियन निरंकुशता की शुरुआत करने के लिए मजबूर करता है।
महापुरूष-युग के क्लोन ट्रूपर्स अपने आधुनिक कैनन समकक्षों के विपरीत नहीं हैं। हालांकि युद्ध के लिए नस्ल और प्रशिक्षित, क्लोन ट्रूपर्स वास्तव में उस लोकतंत्र में विश्वास करते थे जिसके लिए वे लड़े थे और जब वे थे सामान्य गांगेय नागरिकों से संबंधित होने के लिए संघर्ष किया, उन्होंने गणतंत्र की अपनी रक्षा और स्वतंत्रता को अपने अंतिम के रूप में देखा मिशन। कैनन स्थापित करता है कि सभी क्लोनों को भ्रूण के रूप में वर्गीकृत मस्तिष्क प्रत्यारोपण प्राप्त हुए जो उनके दिमाग को धोने के लिए जिम्मेदार थे, लेकिन महापुरूष बस बताते हैं
क्विनलान वोस का क्लोन ट्रूपर्स के साथ असामान्य रूप से खट्टा रिश्ता है, और वह 81 के अंक में उनके लिए अपनी अरुचि की व्याख्या करता है। स्टार वार्स: रिपब्लिक, जॉन ऑस्ट्रैंडर और जान डुर्सेमा द्वारा। लुमिनारा अंडुली के साथ बातचीत में, वोस ने अपना विश्वास व्यक्त किया कि उनके पास सहानुभूति की कमी है और वह उन्हें जीवित हथियारों से ज्यादा कुछ नहीं देखता है। जबकि वोस क्लोन ट्रूपर्स के अपने आकलन में ज्यादातर गलत है, उसका दृष्टिकोण सही साबित होता है जब ऑर्डर 66 जारी किया जाता है और उसके आदेश के तहत क्लोन उसे मारने का प्रयास करते हैं। ओबी-वान ने क्लोनों से कभी मुंह नहीं मोड़ा होगा, लेकिन वोस के लिए ऐसा नहीं कहा जा सकता है। वह अंततः ऑर्डर 66 से बच जाता है, फाई और उसके अधिकांश पुरुषों की हत्या कर देता है, और क्लोन के बारे में उसकी गलतफहमी हो जाती है शांतिदूतों के रूप में जेडी की भूमिका और इसके लिए बनाए जा रहे क्लोनों को देखते हुए अजीब तरह से समझा जा सकता है युद्ध.
क्लोन युद्ध ने ही जेडी नाइट्स के बल के साथ संबंध को आंतरिक रूप से कमजोर कर दिया, क्योंकि इसने उन्हें अंदर धकेल दिया जनरलों की भूमिका, उन्हें संतुलन से दूर रखना और उन्हें विशेष रूप से पालपेटीन की चालों के प्रति संवेदनशील बनाना। क्विनलान वोस खुद एक डबल एजेंट के रूप में अपने समय के दौरान फोर्स के अंधेरे पक्ष में गिरने के खतरनाक रूप से करीब आ गए, काउंट डूकू के डार्क एकोलाइट के रूप में प्रस्तुत हुए। यह कल्पना करना आसान है कि अंधेरे पक्ष के साथ उसका ब्रश, उसका समय आगे की पंक्तियों से दूर बिताया (और इस तरह क्लोन ट्रूपर्स का नेतृत्व किया), और जेडी के रास्ते पर लौटने का उनका इरादा संभावना है कि वोस रिपब्लिक के क्लोन ट्रूपर्स से संबंधित होने में विफल रहे और उन्हें विचारों और भावनाओं वाले पुरुषों के रूप में नहीं बल्कि युद्ध के उपकरण के रूप में देखा।
अधिकांश क्लोन ट्रूपर्स अपने जेडी जनरलों का सम्मान और सम्मान करते हैं, लेकिन क्लोन कमांडर फे और उनके सैनिकों की आपसी भावनाएँ थीं वोस के लिए अरुचि का, और संभवत: उनके ब्रेनवॉश को सक्रिय किए बिना भी उन्हें देशद्रोही माना जाता। क्विनलान वोस का लीजेंड्स संस्करण कैनन के जनरल पोंग क्रेल के अधिक बारीक संस्करण के समान है, जिसका क्लोन ट्रूपर्स की हिंसक घृणा ने उन्हें आत्मघाती मिशनों पर भेजने के लिए प्रेरित किया और उनके पतन को प्रेरित करने में मदद की अंधेरा पहलू। के क्लोन ट्रूपर्स स्टार वार्स महापुरूष, अपने कैनन समकक्षों की तरह, मूल रूप से अच्छे व्यक्ति थे जिन्होंने वास्तव में गणतंत्र की देखभाल की और जेडी ऑर्डर 66 से पहले, फिर भी क्विनलान वोस की उन्हें समझने और उनसे दोस्ती करने में विफलता, दुखद रूप से संदर्भ में समझ में आता है।